Adapun kubur campuran adalah cara penguburan dengan mengkombinasikan kubur primer dengan kubur sekunder (Soejono, 1977:191). Tulang-tulang manusia dalam kubur campuran yang merupakan kombinasi kubur primer dan sekunder ditemukan berdampingan atau bertumpuk, kubur campuran yang ditemukan dalam situs Gilimanuk memperlihatkan gejala bawah kubur yang lama dikeluarkan untuk memberi tempat pada kubur yang baru. Tulang-tulang rangka manusia dari kubur yang lama disusun dalam pola penguburan kedua di atas mayat yang baru dengan pola keletakan tulang panjang di pinggir dan mengapit tulang rusuk dan tulang-tulang pendek lainnya dengan tulang tengkorak berada di atas susunan tulang-tulang tersebut (Soejono, 1977:187). Pada umumnya, mayat yang baru berposisi membujur. Pada kubur campuran biasanya terdiri dari dua atau tiga rangka yang kemungkinan berasal dari satu keluarga (Soejono, 1977:187).
Penguburan lain yang ditemukan pada situs Gilimanuk adalah kubur tempayan. Di Gilimanuk, kubur tempayan menggunakan dua buah tempayan, satu tempayan di sisi bawah digunakan sebagai wadah rangka manusia, sedangkan tempayan di aatasnya diletakan terbalik yang berfungsi sebagai penutup wadah. Pada situs ini ditemukan kerangka manusia yang dikubur dalam sikap tersungkur dengan kedua kaki terlipat ke belakang, kedua siku lengan bertemu di belakang dan posisi tengkorak menengadah ke atas, sehingga menimbulkan anggapan bahwa telah terjadi penguburan secara paksa (Kifli, 2000:31).
